I. Trestně stíhat je možno jen existující (i zrušenou) právnickou osobu, ale nikoli již zaniklou právnickou osobu.
II. Ustanovení § 11 odst. 1 písm. e) tr. ř. lze podle § 1 odst. 2 t. o. p. o. přiměřeně užít i vůči zaniklé právnické osobě.
III. Ustanovení o mimořádných opravných prostředcích týkající se obviněné fyzické osoby, která zemřela nebo byla prohlášena za mrtvou (§ 265p odst. 3, § 275 odst. 1, § 280 odst. 3 tr. ř.), lze podle § 1 odst. 2 t. o. p. o. přiměřeně užít i vůči zaniklé právnické osobě.
IV. Má-li být trestně stíhána právnická osoba, musí orgány činné v trestním řízení postupovat podle § 30 a § 32 t. o. p. o. tak, aby zabránily jejímu zrušení nebo zániku. Jde-li o trestní stíhání zrušené obchodní společnosti (např. společnosti s ručením omezeným), je třeba vyrozumět příslušný krajský soud, který vede obchodní rejstřík, v němž je tato obchodní společnost zapsána (dále jen „rejstříkový soud“), o tom, že bylo zahájeno její trestní stíhání (§ 30 odst. 1 t. o. p. o.). Dále je nutno činit i další aktivní kroky k zamezení zániku obviněné právnické osoby – obchodní společnosti, zejména jednat s jejím likvidátorem a upozornit jej na povinnosti vyplývající z § 32 odst. 1 a 3 t. o. p. o., že má písemně oznámit státnímu zástupci a v řízení před soudem předsedovi senátu, že hodlá podat návrh na výmaz obchodní společnosti z obchodního rejstříku, resp. podat návrh na rozhodnutí soudce pro přípravné řízení nebo v řízení před soudem předsedy senátu o svolení se zánikem obviněné právnické osoby.
V. Likvidátor obchodní společnosti je tím, kdo za ni zásadně může činit úkony podle § 34 odst. 1 t. o. p. o. Proto má mít zjednán přístup do datové schránky obviněné obchodní společnosti, do níž se doručují písemnosti jí určené (§ 62 odst. 1 tr. ř.). Pokud likvidátor nepřebírá písemnosti takto doručované, lze mu je doručovat i jiným způsobem (např. do jeho datové schránky, na adresu jeho bydliště apod.).
VI. Zanikla-li (i přes zamezující opatření zejména podle § 30 a § 32 t. o. p. o.) stíhaná obviněná právnická osoba a spatřuje-li státní zástupce veřejný zájem hodný právní ochrany na vyslovení její viny, může státní zastupitelství podat návrh rejstříkovému soudu podle § 209 odst. 1 o. z. na rozhodnutí o zrušení výmazu zaniklé obviněné právnické osoby spojené s rozhodnutím o její likvidaci a jmenování likvidátora. Jinak musí trestní stíhání zaniklé obviněné právnické osoby zastavit podle § 172 odst. 1 písm. d) tr. ř. z důvodu § 11 odst. 1 písm. e) tr. ř. (za přiměřeného užití § 1 odst. 2 t. o. p. o.).
VII. Ustanovení opatrovníka obviněné právnické osobě podle § 34 odst. 5 t. o. p. o. je až subsidiárním opatřením, nemůže-li ji zastupovat jiná oprávněná osoba, např. v případě zrušené obchodní společnosti její likvidátor.
VIII. Existence nebo neexistence právnické osoby (tj. to, zda právnická osoba zanikla či nikoli) je tzv. statusovou otázkou, a proto ji orgány činné v trestním řízení nemohou podle § 9 odst. 2 tr. ř. posoudit samy. Stejně tak nemohou tuto otázku posoudit, existuje-li o ní nezrušené rozhodnutí soudu o výmazu právnické osoby z veřejného rejstříku (§ 9 odst. 1 tr. ř.).
IX. Rejstříkový soud z úřední povinnosti (ex officio) podle § 90 odst. 2 zákona č. 304/2013 Sb., o veřejných rejstřících právnických a fyzických osob a o evidenci svěřenských fondů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZVR“), zkoumá mimo jiné to, zda provedení zápisu výmazu právnické osoby nebrání trestní stíhání proti ní vedené nebo výkon trestu, který jí byl uložen podle zákona upravujícího trestní odpovědnost právnických osob a řízení proti nim. Trestně stíhanou právnickou osobu může rejstříkový soud vymazat pouze tehdy, pokud navrhovatel podle § 16 odst. 1 ZVR doloží svolení trestního soudu s jejím zánikem podle § 32 odst. 3 t. o. p. o.
X. Předseda senátu soudu, u něhož byla podána obžaloba na zaniklou obviněnou právnickou osobu, nemůže ve věci nařídit hlavní líčení, ale zpravidla nařídí předběžné projednání obžaloby podle § 186 písm. e) tr. ř., v němž je namístě vrátit věc státnímu zástupci k došetření podle § 188 odst. 1 písm. e) tr. ř.
XI. V případě uložení trestu uveřejnění rozsudku uloženého podle § 23 odst. 1 t. o. p. o. právnické osobě soud určí konkrétní druh veřejného sdělovacího prostředku, v němž má být odsuzující rozsudek uveřejněn; takovým sdělovacím prostředkem není obchodní rejstřík, a to ani když odsouzenou právnickou osobou je obchodní korporace. Rozsah uveřejnění rozsudku se určí podle povahy věci a celkového rozsahu textu rozsudku. Přitom není vyloučeno uložit povinnost, aby odsouzená právnická osoba uveřejnila celý výrok o vině i o trestu (resp. též o ochranném opatření, o náhradě škody nebo nemajetkové újmy nebo o vydání bezdůvodného obohacení).
